Cita: ovbiamente falta el registro 3 hay alguna forma de poner el siguiente registro guardado en la posicion 3
Estás confundiendo MySQL con Excel...
Los DBMS tienen su propia forma interna de manejar la posición física de los registros, que es invisible ("transparente" se dice) para los usuarios. Esto significa que al usuario no le debe importar cómo lo hace, sino que el resultado de la consulta sea el que el usuario espera.
El cómo manejan los DBMS la posición física no le debe interesar, porque está afectada por algoritmos que apuntan a una búsqueda eficiente, y no a un "ordenamiento", que en definitiva es meramente estético.
Por tanto, si lo que quieres es que los registros parezcan en pantalla ordenados de una determinada forma, y numerados secuencialmente, nada tiene que ver eso con su posición física en disco, ni tampoco te tiene por qué interesar cómo logra MySQL hacerlo, en tanto el resultado de la consulta cumpla con lo que te resulta útil.
Resumiendo: No pierdas tiempo tratando de "arreglar" lo que no está mal, y confecciona las consulta saputando a lo que quieres obtener. El cómo lo ahce es irrelevante.