vas a tener que usar un cron para ejecutar el script diariamente y dependiendo del servidor windows o linux va a ser mas facil o no (facil en linux)
ahora bien, no existe actualmente segun creo yo algo que te resuelva en forma automatica si una url esta online o no, se puede hacer algo utilizando curl para veri si el sitio existe o no por ejemplo, no se si es lo mas confiable del mundo, pero es algo como para empezar
fijate el ejemplo que muestra en php.net para el uso de
curl_errno(), vos modificalo para que en caso de error te haga el delete en la base de datos