Bien, no tengo ni idea de PHP pero para el caso da lo mismo. No puedes meter código PHP dentro de de un fichero .js. PHP se ejecuta en el servidor y para ello el servidor tiene que saber dónde buscar. Por eso los archivos PHP tienen la extensión .php y no .htm u otras, para que el servidor lo examine antes de enviar la página.
El archivo .js contiene código PHP <?...?>, por lo que se envía tal cual sin ser procesado por el servidor. Cuando llega al navegador, este código o bien se ignora, y todo lo que conlleva, o bien da error y no permite cargar la página correctamente.
Por eso, ya que necesitas modificar dinamicamente tu script mediante PHP te recomiendo que recurras a los includes.
Espero estar en lo cierto.
Sobre lo de cómo poner los includes no voy a poder ayudarte. Si al menos estuviera en ASP...
