No se si entendí bien pero algo asi?
Código PHP:
$codigo = $_SESSION["id"];
$consulta = "SELECT * FROM Users
JOIN Archivo ON Users.id = Archivo.id_user
JOIN Categoria ON id_categoria=id_cat
WHERE Users.id='$codigo'";
$query = mysql_query($consulta);
while ($row = mysql_fetch_assoc($query)) {
// Muestro nombre de la categoria
echo $row['categoria'];
$idcategoria = $row['id_cat'] ;
$sql_archivos = "SELECT * FROM Archivo
WHERE id_categoria='$idcategoria'";
$query_archivos = mysql_query($sql_archivos);
// Muestro los titulos de archivos para la categoria actual
while ($fila_archivo = mysql_fetch_assoc($query_archivos)) {
echo $fila_archivo['Tituloarchivo'] . "/";
}
}
Tiene algún fallo pero creo que se puede entender bien.
Saludos