Gráfica PHP Problema Timestamps

[ocp001a]

Si lees con atención, mi sugerencia es que el for vaya del segundo 0 al 86400 del día que requieres, y con cada iteración verifique si hay datos en el arreglo obtenido de la bd, si los hay, los integra a un segundo arreglo que contendrá todos los segundos del día, de no haber datos en la bd, puedes colocar el valor nulo o cero según necesites, con lo cual no habría huecos ni colocaría datos al final.