Según parece tenés que cargar con ajax el javascript tambien, debería poner tu javascript en archivos externos, los css también, y cargarlos.
Mirá este ejemplo, quizás asi se entienda mejor
http://foros.emprear.com/ajax/html-css-js-ajax/
la primera parte es la que te interesa.
Si analizás la script
http://foros.emprear.com/ajax/html-c...x/cargaAjax.js
vas a ver que contiene 2 funciones, una para cargar el html en el div, y la otra ppra cargar los recursos (los css y unafuncion.js)
Saludos