La información es incompleta para saber qué es exactamente lo que ocurre en su caso.
Pero con el css que muestra me inclino a pensar que el comportamiento es debido al uso conjunto de la propiedades | position | y las propiedades de colocación | top /left/... |
Quizás le venga bien
un poco de teoría sobre la cuestión.
N.B.: en css no existen las capas, excepto cuando se habla del apilamiento en la visual (z-index)