Php no reemplaza valores de variables entre comilla simple. Utiliza la doble comilla y te funcionará.
Código PHP:
header('location:'.$_SERVER['PHP_SELF']."?recoger_enc&fecha=$fecha&id_num_enc=$id_num_enc&lote=$lote&num_per=$num_per&encuestados=$encuestados&id_letra=$id_letra");
Saludos.