Archivo php no me reconoce acentos en español

[Triby]

Seguramente estás usando un juego de caracteres diferente de UTF y, también seguramente, cuando dices "son cargados dentro de un DIV a traves de un codigo javascript" estás hablando de AJAX y todas las peticiones AJAX son codificadas con UTF.

Un par de soluciones, tú eliges la que más te convenga:

a) Usa UTF para todos tus archivos de scripts, bases de datos y etiqueta meta "charset bla bla bla"

b) En todas las peticiones AJAX envía un encabezado especificando el juego de caracteres que estás usando, ejemplo:
header('Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1');