Tal vez esté relacionado con los atributos codebase y code del tag applet, o con las variables del MANIFEST.MF.
Ejemplo:
<applet codebase = "http://localhost/"
code = "common/MyApplet.class"
archive = "MyExecutableApplet.jar"...>
Si MyEjecutableApplet.jar no está en la carpeta que el servidor web utiliza de raíz para las descargas, y si en el .jar no está empaquetada clase MyApplet dentro del paquete common, puede haber problemas.
A su vez, puedes tener el mismo problema si usas una clase de una librería .jar que no especificas en el MANIFEST.MF de esta manera:
Class-Path: sqlitejdbc-v056.jar jdom.jar...