Hola Foristas.
 
Dí solución alterna al inconveniente. La firma del método de executeCommand 
.executeCommand(Commands.OPENFILE, Object[] variable); 
exige un Objeto[] como segundo parámetro. Como el proyecto es GPL me baje los fuentes y mire que podia enviar la misma variable tipo Object[] pero con otro contenido (al de solo la ruta física del archivo pdf cargado por el fileChooser).  
Objeto[] xyz = new Object[2];
xyz[0] = getBytesFromFile(new File (fileChooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()))  ;
xyz[1] = "dummy.pdf";
visor_jpedal.getViewer().executeCommand(Commands.O  PENFILE, xyz); 
Así pude continuar con lo que quería hacer.. tal vez le pueda servir a alguien a futuro.  
Muchas gracias Fuzzylog por tu colaboración.  
Muchas gracias a todos y muchos éxitos. 

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