No veo por ninguna parte del codigo donde haces la llamada a la llamada a la validacion ( $("#form").validate(); ).
Supongo que en algun lado la tendras si no no te funcionaria al meter todo el codigo en el mismo documento.
Tu problema reside en que llamas al plugin (seguramente) cuando termina de cargarse el documento (con la recurrida $(function(){ ... }); ) pero la realidad es que cuando cargas la pagina, el formulario no existe (ya que se generará dinamicamente al cargarlo con ajax mas tarde) por lo que la sentencia $("#form").validate(); , no encuentra ningun id form en el documento y no hace nada (cuando metes todo el codigo como si esta, pos si funciona).
Solución: añade $("#form").validate();, despues del responseText (es decir una vez que el formulario este insertado en el dom de la pagina)
Código:
<script type='text/javascript'>
function formulario() {
var Ajax=obtiene_http_request();
Ajax.open("post","formulario.php", true);
Ajax.onreadystatechange = function() {
if (Ajax.readyState == 4 && (Ajax.status == 200 || Ajax.status == 501)){
document.getElementById('contenido').innerHTML=Ajax.responseText;
$("#form").validate();
}
}
Ajax.send(null);
}
</script>
Si no fuera ese tu problema, comentanos de nuevo y vemos que puede ser.