Cita:
Iniciado por GatorV 
Es lo mismo que te dice pateketrueke, según el CSS que expones espera al paginador en una lista (<ul><li>) y tu estas generando un <div> (elemento de bloque) con un <a> dentro, es por eso que pasa lo que ves.
Tienes que generar la estructura HTML correcta: un <ul> dentro de un <div> con una serie de <li>.
Saludos.
el resultados es el mismo caballeros, ya habia probado
con<ul><li> agregados y cerrados, probado, no funciona.
Cita: //muestro los distintos índices de las páginas, si es que hay varias páginas
if ($total_paginas > 1){
for ($i=1;$i<=$total_paginas;$i++){
if ($pagina == $i)
//si muestro el índice de la página actual, no coloco enlace
echo $pagina . " ";
else
//si el índice no corresponde con la página mostrada actualmente, coloco el enlace para ir a esa página
echo "<div class='pagination'>
<ul>
<li>
<a href='preguntas.php?usuario=$usuario&pagina=" . $i . "'>" . $i . "</a>
</li>
</ul>
</div>";
} if ($i==$total_paginas) {
echo "ultima pagina"; // codigo NO Funciona.
}
}