Cita:
Iniciado por NUCKLEAR 
Cual es el .htaccess que estas usando? Tenés activado mod_rewrite en tu servidor?
Gracias amigo por tu atencion, el problema lo solucione y lo dejo porque a varios le pasa.
Este codigo me sirvio (a diferencia del entregado por la guia de CI), va en la carpeta .htaccess del directorio raiz (en la carpeta public_html o www). Si lo hacen en el .htaccess que esta dentro de la carpeta /system de CI les dara un error 404, me percate que algunas personas decian que ese era el correcto .htaccess y esa informacion es falsa. Tengan cuidado y agreguen si su instalacion esta en un subdirectorio. Luego de eso pueden borrar index.php de la carpeta config y fin a los problemas con este tema.
Código Apache:
Ver original# Customized error messages.
ErrorDocument 404 /index.php
# Set the default handler.
DirectoryIndex index.php
# Various rewrite rules.
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L,QSA]
</IfModule>