mira, te voy a dar lo que en este momento yo pienso que haria , pero nunca lo probe.
en primer lugar vas a tener 2 conexion a bd . y yo pensaria asi
supongamos que vos manejas el log con mail y contraseña y almacenas estos en 2 variables $mail y $pass y lo buscas en 1
$result=mysql_query ("select email from tabla_bda where email ='$email'")
if (mysql_num_rows($result)>0)
{
comprobas la contraseña y realizas las variables de session.
} else {
$result=mysql_query ("select email from tabla_bdb where email ='$email'")
if (mysql_num_rows($result)>0){
//aqui inicias variables de session
}else{
echo "no estas registrado registrate en<a href='pagea.com'>pagea.com</a> o <a href='pageb.com'>pageb.com</a> ";
}
}
OJO!!!, ESTO LO PODRIAS HACER SI MANEJAS LOS MISMOS NOMBRES DE CAMPOS EN LAS 2 BD ME EXPLICO?
ADEMAS ES TEORIA, NO SE SI FUNCIONA.