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Iniciado por friasaitor 
- Tendrá tres iframes con poco texto. Dos pequeños y una grande, en dimensiones.
Los iframes, frames o marcos va en contra del SEO a todas luces, particularmente no los recomiendo, es infinitamente mejor que lo que se muestre en pantalla, todo ese código, esté en un mismo archivo html o php y no disperso en diferentes archivos, ya que no conviene de cara al posicionamiento.
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Iniciado por friasaitor - Habrá links en la misma página que con diferentes textos apunten a la misma página.
Los links que apuntan a la misma página, ¿te refieres a que en la página principal habrán diferentes links que apunten a la misma página? Eso no es conveniente (no sirve de nada), a no ser que sea un encabezado de primer nivel H1 con un enlace a la misma home. Si te refieres que los links serán a páginas internas, no hay problema.
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Iniciado por friasaitor - Una cabecera que baja o sube en jquery
No creo que haya ningún problema en implementar JavaScript en la página, personalmente tendría que valorar la importancia de esa cabecera puesto que hay dispositivos que no interpretarán el JS.
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Iniciado por friasaitor - Dos anuncios de los grandes de texto (un horizontal y otro vertical) de Google. Si pongo dos anuncios pierdo dinero considerando que el número de clicks es el mismo que en una página donde haya sólo un anuncio?
No hay problemas en poner dos códigos de Adsense en la web.
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Iniciado por friasaitor - Tambien queria hacer una version diurna y una nocturna del página y que redirija correctamente. ¿Eso podría penalizar, no?
Podría penalizar, sí. ¿Cómo tienes pensado que se redirija de la versión diurna a nocturna? ¿Dónde estarán alojadas estas versiones? Lo ideal es que esté todo en el mismo html y que si tienes que cambiar algo, sea sólo algo del CSS o imágenes, pero si cambias el código fuente y el texto del contenido, esto lo puede ver extraño Google.