lo que pasa es que se suelen usar compresores u optimizadores como Assetic o YUI compressor, que compactan el codigo JS para hacerlo ligero y rápido, si descargas la version normal de jQuery notarás un código legible normal.
lo segundo corresponde a los términos de scope, closoure y funciones anónimas, términos de JS que debes de estudiar para comprenderlos
http://www.quizzpot.com/2009/03/que-son-los-closures/