Resulta que el safe_mode está en off por lo que tendría que hacerle caso a mis directivas de tiempo y memoria independientemente de lo que diga el php.ini, o no?
Con archivos de poco en poco si lo hacía bien, aunque ya no recuerdo hasta cuántos se pudo (ya he hecho muchas pruebas). Pero volveré a probar y creo que lo mejor será poner al usuario a bajar de poco en poco.
mientras encuentro otra opción.