Ah. Ya entendí. El problema no es ni Movable Type ni la exportación desde Movable Type, el problema es que cuando haces la conversión a multisite.
En mi opinión el problema es el
sanitize (o ¿
satanize?). Busca en este foro sobre este tema, seguro ya preguntó alguien sobre esto. Tal vez haya plugins o cosas así.
Te dejo esta búsqueda en Google sobre
wordpress sanitize iframe.