Hola, me autorespondo por si a alguien le sirve de ayuda.
Lo he arreglado quitando la llamada al constructor del objeto RegExp y sustitullendolo por un string, tal que
Código:
if (document.frmalta.importe.value!=""){
var re = /^([0-9]{1,5})[\.]?[,]?([0-9]{0,2})$/;
if (!re.test(document.frmalta.importe.value)){
alert ("El importe no tiene un formato válido");
document.frmalta.importe.focus();
return false;
}
}