¿Como corregir el problema del boton scroll cuando lo ocultan?

[sergio1210]

Comprender el posicionamiento en CSS es un tema importante, te recomiendo que le leas el capitulo 5 de este libro: http://www.librosweb.es/css/capitulo5.html lo explica muy bien y con ejemplos los diferentes tipos de posicionamientos: static, relative, absolute y fixed así como que es el z-index y el top, left, right y bottom.

Resumiendo:
static es el posicionamiento por defecto si no se dice nada.
relative posiciona respecto a su posicion normal (o static)
absolute lo posiciona respecto a al primer elemento padre posicionado, es decir que no tenga un static, de no tener ningún padre posicionado lo hará respecto al body.
fixed lo posiciona respecto a la ventana del navegador.

Una vez indicado el tipo de posicionamiento ¿como lo movemos? pues con...

top le indica a cuantos pixeles respecto al borde superior debe estar
bottom lo mismo respecto al inferior
right lo mismo respecto al derecho
left lo mismo respecto al izquierdo

z-index le dice el nivel en el eje z es decir tridimensional, como las capas en photoshop, sirve para cuando se solapan capas decidir quien ira encima y quien debajo, y como bien te ha dicho cristian_cena si no esta posicionado no funciona y a mayor numero más "encima" esta esa capa.

Un saludo!