Si la cadena2 siempre llevará la palabra a buscar en la misma posición puedes partir la cadena2 y buscar el trozo que te interesa:
Código PHP:
$cadena1 = "hola amigos como estan";
$cadena2 = "adios como";
$trozo = explode(" ", $cadena2);
if($posicion = strpos($cadena1, $trozo[1]))
echo "la palabra ".$trozo[1].", se encuentra en la posicion ".$posicion." de la cadena";
saludos,