Hola:
Si quieres una sencilla ventana del sistema (sin características especiales) basta con poner el enlace en el href (cosa que siempre deberías hacer), y lo que devuelve el confirm entregárselo el evento click:
<a href="el_enlace" onclick="return confirm('mensaje del confirm')"...
Y si prefieres darle características especiales, te recomiendo este artículo:
Formularios y enlaces dirigidos a ventanas.
Saludos
