Ese caso es un poco más complicado pero no imposible, pon /application y /library directamente donde este tu index.php y solo ajusta las rutas en el index.php:
Código PHP:
Ver original// Define path to application directory
// Define application environment
|| define('APPLICATION_ENV', (getenv('APPLICATION_ENV') ?
getenv('APPLICATION_ENV') : 'development'));
// Ensure library/ is on include_path
realpath(APPLICATION_PATH
. '/../library'), )));
Así ya no usas la carpeta "public" ya que va a ser la carpeta raiz, el único inconveniente es que dejas la carpeta application/config/config.ini abierto así que usa un .htaccess para denegar el contenido de esa carpeta (o de todo application).
Saludos.