Para el scroll puedes usar algun plugin de jquery que lo permita modificar y darle estilo
uno muy muy bueno es nicescroll, para ello necesitaras jquery y nicescroll
[URL="https://github.com/inuyaksa/jquery.nicescroll"]https://github.com/inuyaksa/jquery.nicescroll[/URL]
En referencia a la maquetacion, lo de las cajas y tal, depende del contenido que le daras a cada cosa, piensa en usar <nav> , <section> <aside> pero ya te digo, dependera siempre del contenido