Triby Muchas Gracias por tu respuesta, ya lo he logrado gracias a tu ayuda, finalmente hago algo así
   
Código PHP:
Ver original- $archivo="prueba.txt"; //archivo que selecciono para leer 
- $actual='<? include("head.php"); $id=101 ?>'; //antes de leer, agrego lo que quiero en el encabezado 
- $actual.=file_get_contents($archivo); //concateno con lo que extraje del archivo txt 
- file_put_contents('nuevo.php', $actual); //finalmente escribo todo en el nuevo archivo.php 
Ahora me queda la última duda, esto lo probe en un localhost, si lo quiero hacer en el servidor que esta en internet, debo agregarle los permisos antes de ejecutar el procedimiento?
Muchas Gracias