Index infectado con script

[tuclavador]

Hola a todos y agradecerles de antemano por tomarse el tiempo de leer mi tema.
El problema es el siguiente hace unos dias mi web fue detectada como un sitio atacante y me puse a revisar el index el cual tenia un script con un codigo desconocido, probé reemplazando el index nuevamente pero era una solucion temporal ya que volvía a infectarse, y además aparecieron nuevos archivos con extención .php: gb8bsa.php, c6tn.php, etc con el siguiente codigo interno:

<?php
echo "5297";
?>)

Necesito saber que debo hacer para que mi web pueda ser desinfectada por completo y que no se repita nuevamente este problema.
Espero puedan darme una manito con mi problema, quedo atento a su respuesta.