Habría que diferenciar por una parte el problema de las visitas y por otra la de los backlinks, son cosas distintas.
En lo que se refiere a las visitas, ten más paciencia y deja pasar esta semana a ver qué tal se comporta la cosa, hoy estamos a lunes y como dices venimos de un fin de semana.
Por lo que respecta a los backlinks, ahí estoy contigo puesto que el número de backlinks en un proyecto bajó a la mitad casi. Me da a mi que Google tampoco muestra exactamente todos los links entrantes en las Herramientas para Webmasters.