Abrir y controlar programas externos PHP

[kafok]

Hola, tengo el siguiente problema, yo quiero hacer en primer lugar un script que yo como administrador ejecute, el script sustituirá a un archivo .bat, vamos que guardara unos comandos que lo que hacen exactamente es abrir un archivo .jar.

Si lo hubiera hecho de forma correcta escribiendo las funciones en un .bat se ejecutaría el .jar y este me daría una salida a través de una ventana del cmd. Aqui podria yo escribir comandos para controlar el programa.

Bueno a lo que voy, yo tendré una pag. (que solo yo tendre acceso a ella) en la que pondré un botoncito que ejecutara todo lo que he dicho (sustituirá a un .bat). Ahora, en la pag. seguramente pondre algunos otros botoncitos que ejecuten comandos que suela usar, por comodidad básicamente, y pondré un campo donde se iran escribiendo todas las salidas que me de el .jar, en vez de verlo en el cmd lo veria en mi pag. (asi podria customizar un poco la salida poniendole colores...)

Ahora, ¿como lo hago?:
1º)Para ejecutar el programa ¿que hago?¿Abro el .bat ya creado por mi con exec()?¿O los comandos los pongo directamente en php?¿como?

2º)A PHP le mando la petición me ejecuta el script del punto 1 y me devuelve lo que sea. El programa quedaria abierto, pero quiero saber como puedo escribirle comandos desde una pagina, pj. el ejemplo de arriba de los botones, con ajax le envio a un .php la informacion del comando y ejecuta el script que lo escribe en mi programa ¿como hago esto?

3º)Leer la salida del programa pj. en la parte donde quiero que se vean la salida ¿como lo hago?

Por favor es importante, no solo voy a darle esta utilidad a las dudas que os he planteado ademas es esencial para los usuarios de mi servidor que con script accedan a estas opciones.

Gracias por su atencion :)