Hola, davidvamo.
No es necesario revisar el código para saber cual es el problema: los <select> siempre quedan encima, incluso si los pones dentro de una capa y a esta le pones el z-index adecuado. Lo más próximo que he visto ha sido una página (siento no recordar cual) que hacía invisible el <select> cuando el menú tenía que quedar encima.
Saludos,
