No, no es asi.
El nombre de la carpeta de proyecto (aplicacion en tu caso) no tiene nada que ver con el nombre de tu servlet. De hecho será frecuente que una aplicacion tenga varios servlets y segun tu esquema mental solo prodria haber uno y su nombre coincidiria con el de la aplicacion.
La estructura de directorios sera mas bien:
webapps\tu_aplicacion\WEB-INF\classes\tus_servlets
Y el descriptor de despliegue:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE web-app
PUBLIC "-//Sun Microsystems, Inc.//DTD Web Application 2.3//EN" "http://java.sun.com/dtd/web-app_2_3.dtd">
<web-app>
<servlet>
<servlet-name>tu_servlet</servlet-name>
<servlet-class>tus_servlets.tu_servlet</servlet-class>
</servlet>
<servlet-mapping>
<servlet-name>tu_servlet</servlet-name>
<url-pattern>/url_quieras_servlet</url-pattern>
</servlet-mapping>
</web-app>
Y en el navegador llamaras al servlet con:
http://tu_servidor:tu_puerto/tu_apli...uieras_servlet