he probado el código y funciona, que tal si pruebas almacenando el valor y envíalo por medio de Javascript a la función?
Código:
function ventanaNueva(cod_nomina){
var codigo = cod_nomina;
window.open("nueva.php?cod_nomina=" + codigo,"nuevaVentana","width=200","height=200");
}
Código:
<td><a href="nueva.php?cod_nomina=<?php echo $user['cod_nomina']; ?>" onclick="ventanaNueva('<?php echo $user['cod_nomina']; ?>'); return false"><?php echo $user['cod_nomina']; ?></a></td>
Saludos.