Tengo un ejemplo para windows.
Bueno imaginemos que tienes el .sql en una ruta fija creo que solo tendrías que crear un .bat que llame a mysql.exe con la ruta de tu .sql y listo
ej tu archivo .bat
mysql --user=xxx--password=xxx nombre_db < filename.sql
Ojo: donde tienes el .bat debes de tener el archivo mysql.exe
Luego utilizas
exec o
system para ejecutar el .bat
No lo he probado pero creo que no tiene por que no funcionar.
Saludos.