En el resultado final no influye, son dos formas de hacer lo mismo, personalmente no me agrada Registry por lo tanto me inclino a utilizar el container del Bootstrap, que si bien es un registro al menos lo es interno, es consuelo de tontos pero prefiero utilizar lo menos malo.
Y si estas trabajando con la integracion de G. Blanco, deberias tener un resource para doctrine, con lo que podria ser:
Código PHP:
Ver original...
$application->bootstrap(array('doctrine')); $container = $application->getBootstrap()->getResource('doctrine');
$em = $container->getEntityManager();
...
Nota: el bootstrap vació inicializa todos los recursos, es preferible "levantar" solamente lo que necesites.
Saludos.