Técnicamente hablando, lo que no puedes ingresar son
registros duplicados, no archivos.
El problema esencial es que si estás haciendo esto:
Estás volcando
todo el contenido de la segunda tabla en la primera, incluyendo aquellos valores que en la primera tabla son la PK. Y si al menos uno de ellos ya existe, se considera registro duplicado, sin importar qué es o que contenga.
Explica mejor qué estructura tienen cada tabla, y veremos cómo resolverlo.