estaba realizando una búsqueda tanto de los comandos como del tema en cuestion. aún no tengo claro las posibilidades, pero encontre algunas referencias que indican que se puede hacer pero depende de si el servidor ftp implementa la posibilidad. algunas referencias hablan del comando QUOTE, otras del comando SITE, y otras de comandos espcializados según el servidor.
http://winscp.net/eng/docs/remote_command