Hola, tienes que activar uno por uno los dominios apuntándolos a la IP del servidores, o el campo A si usas IP fail over.
Esto se hace en el Manager > Servicios > DNS Secundario.
En la guía lo pone:
http://guias.ovh.es/InstalarDNSSecundario
Puedes comprobar si todo es Ok en
www.intodns.com
ISPconfig creo que no tiene un sistema de replicación DNS, por lo que tienes que activarlos a mano en el Manager, o como dice Datacenter1 usar el mismo host o IP para el primario y secundario que seguramente te será más comodo.