Puedes hacer subconsultas sin problemas, solo crea la sub consulta, por ejemplo:
Código PHP:
Ver original$sub = $this->getSelect();
$sub->from(array('f' => 'foo')); $sub->where('bar=baz');
$main = $this->getSelect();
$main->from(array('y' => 'atable')); $main->where('id IN (?)', $sub);
Saludos.