Hola otra vez.
Por si alguien consulta este Hilo, he encontrado la solución correcta.
Poder ustilizar sprintf para hacer el GetSQLValueString y usar % que no son comodines de variables.
El tema es que para escapar un % y que no lo confunda se han de poner %%.
Código PHP:
$query_DiaHora =sprintf("SELECT DATE_FORMAT(strDia, '%%d-%%m-%%Y') as Dia, TIME_FORMAT(strHora,'%%H:%%i') as Hora FROM tbljornada WHERE tbljornada.idJornada = %s",
GetSQLValueString($identificador, "int"));
Adeu.