De hecho como lo pones es un poco mezclado igual, una forma más limpia de trabajar a 3 capas sería así:
modelo/matriz.php
matriz.php
Código PHP:
Ver originalinclude('modelo/matriz.php');
$matriz = obtenerDatosMatriz(); // obtienes desde el modelo o dominio
include('plantillas/matriz.php'); // pasas a la vista
Código PHP:
Ver original<ul>
<?php foreach ($matriz as $index) { ?>
<li><?php echo $index; ?></li>
<?php } ?>
</ul>
Así mantienes una separación más limpia del codigo el archivo HTML queda lo más reducido posible a solo tags HTML y es sencillo de mantener.
Saludos.