Hola rulerson, bienvenido
Mira, el uso de javascript será lo mínimo que necesites.
Antes de meterte con js necesitas asentar las bases gordas de tu webmail con algún lenguaje del lado del servidor.
Así el primer paso sería que verifiques qué lenguaje del lado servidor soporta el servidor que vais a utilizar (asp, php, cgi, etc.)
El segundo paso entonces será buscar la forma de hacer la parte que interactúa con el servidor en ese lenguaje. Cuando tengas lista esa base, entonces yá podremos jugar con javascript.
un saludo