Aún no lo he probado, pero creo que de esta forma se puede solucionar fácilmente. Lo posteo por si a alguien le puede venir bien, y cuando lo pruebe en varios navegadores y resoluciones, si me funciona sin dar problemas lo comentaré. En cualquier caso, si alguien ya me avisa que no va a funcionar bien, por favor, que me lo haga saber y me ahorro el trabajo:
Se trata de tener un <div> con posición "absoluta", que en este caso será el .SWF, anidado anidado dentro de otro <div> con posición "relativa", que sería el .jpg, de forma que la posición la tomará desde la esquina superior-izquierda de su padre, y no del <body> que era como me estaba pasando y que me descuadraba el .swf.
Aún lo tengo que probar más, pero por lo poco que he probado, parece que si funciona, y es una solución muy sencilla.