entre el tag <head> y </head>...aunque la posicion del script no es tan importante como la manera de activarlo...y lo que viene antes o despues...
es decir, sui la pagina donde tendrias que visualizar el alert se carga antes de ejecutar la consulta a la base entonces mi metodo ya no te sirve....
por eso la consulta como yo la puse condiciona el tago <body>
si asi te gusta entonces dale para adelante no mas...