La solucion es separar las cosas distintas en tablas distintas, es decir la primera tabla que nos muestras (que seria la tabla auxiliar) en realidad deberian ser tantas tablas como distintas classificaciones tengas...
Otra solución si las clasificaciones son boleanas es no usar la tabla auxiliar....Cuando activo sea true es activo y cuando no, no.
Y la tercera solucion es