pero que
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Bueno aqui la respuesta.
Los ejecutables de windows(aplicaciónes,programas,software) al igual que cualquier aplicación que se corra sobre windows esta constituida por varias partes.
1-cabezera
2-importaciónes
3-recursos
4-información del mismo archivo.
En los recursos se encuentran:
graficos
iconos
datos de programa
Las importaciónes corresponden a archivos del mismo windows que son usados para interpretar el codigo e interactual con el entorno(windows)
La cabezera indica que tipo de ejecutables es:
PE(empaquetado)
NE(no empaquetado)
Compilador(El programa con que fue creado)
Entrada de datos(entrypoint)
CRC... etc.
Si tu cambias un acceso directo a un programa solo estas cambiando la forma en la windows mostrara la referencia visual a ese archivo no el archivo.
Windows no tiene la capacidad de cambiar el archivo de forma de modificar el codigo donde se encuentra el icono.
En el desarrollo de un programa se puede especificar el icono y graficos que usara, esto de realiza atravez de compiladores, estos usan un lenguaje de interpretacion donde el compilador ajustrara los datos que uno ingrese al codigo del programa que uno realize para que contengan una estrctura que el sistema operativo(windows,lunux,unix) reconosca y ejecute.
Por otra parte existen programas para modificar recursos de un ejecutable:
Reshacker
Exescope.