@daPhyre claro, mientras tengas los enlaces en el html que un robot pueda leer e interpretar, no tendrás problema con el SEO,
Pero como con ajax no cambia la URL de la página
el usuario final no puede compartir el enlace y si no me equivoco es muy importante para materia de SEO que los enlaces sean compartidos en otras web's.
por ello le indique el HTML5 pushState el cual ya usa facebook entre otros, porque aunque puedas variar la URL por medio del hash (#) los robots no interpretan el url después del
hash y por lo tanto no hay SEO para compartir link.