No es que este mal tu estructura, simplemente es que no es la que espera el jQuery Autocomplete, este espera un array de objetos con diferentes llaves, podría ser algo así:
Código PHP:
Ver original 'label' => 'Fulanito',
'value' => 1
),
'label' => 'Sutanito',
'value' => 2
),
'label' => 'Menganito',
'value' => 3
)
);
Saludos.