Hola! Ese margin que te agrega es la barra de administración de WordPress. Podés deshabilitarla y sólo la estás viendo vos y no los visitantes del sitio.
Para añadir tus imágenes en los archivos php del theme añadí lo siguiente a tu ruta:
<img src="<?php bloginfo('template_directory'); ?>/images/logo.png" />