Mensaje al eliminar, que no se puede eliminar ya que se estan usando en otra tabla

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pues me viene a la mente muchas cosas, por ejemplo el uso de innoDB, otra opción podria ser que hicieras una consulta en la otra tabla buscando alguna coincidencia, en caso de encontrar coincidencia mandas el mensaje de error de que no se puede eliminar el registro de lo contrario procedes a eliminarlo