No termino de entender, cual es la relación de todo con el código fuente, si no se inicia la sesión, no se pueden ver ni bajar
Te he creado un zip con todos mis archivos para que compares
http://foros.emprear.com/proteger_pdf/proteger_pdf.zip
Lo único que tenés que modificar es en pdf.php en donde dice "ruta completa", qque es la ruta en el disco a la carpeta que contiene los pdf reales (que como ya dijimos está por fuera de tu document_root
SAludos